V roce 2004 se touto zákeřnou chorobou nakazilo 503 osob, 2 případy byly smrtelné. (Ve srovnání se sousedním Rakouskem, kde je více pozornosti věnováno prevenci a preventivnímu očkování, je hlášen výskyt 60 – 87 případů klíšťové encefalitidy ročně a v některých lokalitách není výskyt hlášen vůbec.Účinný lék neexistuje, jedinou ochranou je očkování. Tyto informace zazněly 12. ledna 2005 na tiskové konferenci, pořádané firmou GlaxoSmithKline (GSK) v Praze.

Rozsah rizikových oblastí v ČR v posledních letech vzrůstá. V důsledku nárůstu průměrných ročních teplot v posledních několika letech se pro přežívání klíšťat vytvářejí lepší podmínky. Kratší
a mírné zimy vedou k tomu, že první onemocnění se objevují již na přelomu března a dubna. S infikovanými klíšťaty se  můžeme setkat  i v některých horských oblastech. 

Spolehlivou ochranu před klíšťovou encefalitidou (KME) představuje očkování. Jednou z velice výhodných je moderní šetrná vakcína Encepur firmy GSK. K dispozici jsou dvě varianty této vakcíny – pro dospělé a pro děti. Očkování zabrání nákaze tímto závažným infekčním onemocněním, které nevylučuje vážné trvalé následky (obrny končetin, chronické bolesti hlavy, poruchy schopnosti soustředění, snížená výkonnost a deprese a ve výjimečných případech i úmrtí).

Očkování proti KME patří do kategorie nadstandardních očkování, tzn. hrazených pacientem,  (některé pojišťovny dávají částečnou úhradu). Cena jedné dávky vakcíny pro děti je 412 Kč, jedné dávky vakcíny pro dospělé činí 468 Kč. Očkovací schéma (podání tří  dávek) je základní (v zimním období) a zrychlené (jaro, léto nebo kdykoliv dle potřeby i během roku). V tomto případě se intervaly mezi jednotlivými dávkami zkracují. Při základním očkování je plná ochrana již 14 dní po první dávce, druhá se dává 42 dní po první injekci. Po třetí dávce (po 9 – 12 měsících) je pacient chráněn 3 – 5 let. Přeočkování se doporučuje jednou dávkou po třech letech.

Zrychlené očkování se skládá rovněž ze tří dávek, ovšem v podstatně kratším časovém sledu: 1. dávka, druhá 7. den. Očkovaní jsou chráněni od 14. dne po druhé dávce, tj.  po třech týdnech od aplikace první dávky  a jsou chráněni 4 – 6 týdnů. Po třetí injekci trvá ochrana 18 měsíců. Čtvrtá dávka by se měla podat již za 12 – 18 měsíců. Pak přetrvává ochrana také 3 – 5 let. Přeočkování by také mělo následovat přibližně po třech letech. 

Klíšťová encefalitida se vyskytuje nejenom na území České republiky, ale v celé střední, severní a východní Evropě. Četné zahraniční cestovní kanceláře doporučují turistům navštěvujícím ČR, aby se rovněž dali očkovat proti klíšťové encefalitidě.