Přestavba kliniky byla nutná. Rekonstrukce byla zahájena v roce 1996 a ku dnešnímu dni si postupně vyžádala kolem čtvrt miliardy Kč. Součástí kliniky jsou 4 ambulance, 39 lůžek standardní klinické péče ve dvou odděleních, 22 lůžek pooperační intenzivní péče, dále 5 operačních sálů, centrální sterilizace a rentgenové pracoviště se stacionárním rentgenovým přístrojem. Některé  prvky interiérů budou i nadále vyžadovat  obnovení nebo modernizaci (pooperační intenzivní péče a provoz na operačních sálech), jak upozornil při slavnostním otevření kliniky její přednosta doc. MUDr. Jan Tošovský, CSc.

"II. klinika se nově specializuje na kardiovaskulární chirurgii. Není to však pro VFN nic zcela nového, operace srdce se provádějí ve fakultní nemocnici od roku 1955 a například první aortokoronární bypass byl zde proveden již  v roce 1970,  jako první výkon toho druhu v našem státě, “ uvedl primář kliniky MUDr. Jan Táborský, CSc.

V rámci Kardiocentra VFN spolupracuje II. chirurgická klinika hlavně s II. interní klinikou angiologie a kardiologie, ale i s dalšími klinikami a odděleními v rámci VFN. II.chirurgická klinika je spádovou oblastí pro pacienty nejen z Prahy a Středočeského kraje, ale i z dalších regionů. Přínosem nového pracoviště je rovněž výrazné zkrácení čekací doby pacientů pro indikované zákroky.